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El Sistema Estatal Penitenciario hasta el 23 de octubre de 2019 se encontraba adscrita a la ahora extinta Secretaría de Seguridad Pública en calidad de Subsecretaría, quien contaba a su cargo con las siguientes Unidades Administrativas: Coordinación Jurídica, Coordinación de Administración, Coordinación de Derechos Humanos y Calidad en el Servicio Penitenciario, Coordinación de Sistemas y Tecnología, Dirección de Ejecución de Penas y Beneficios Preliberacionales, Dirección de Reinserción Social y Servicios Postpenales, Dirección de Evaluación y Supervisión de Medidas y Beneficios en Libertad, Unidad de Investigación Penitenciaria, Dirección de Centros, Dirección Especializada en Medidas para Adolescentes, CERESOS y CIAS.

A partir de 24 de octubre de 2019, de conformidad con el transitorio octavo del decreto número siete publicado en fecha del 23 de octubre del citado año en el Periódico Oficial del Estado, donde la Subsecretaría del Sistema Estatal Penitenciario pasa íntegramente a formar parte de la Secretaría General de Gobierno, con los Recursos Materiales, Humanos y Financieros con la que esta contaba. En fecha de 24 de abril de 2020 fue aprobado el dictamen para la creación de la Comisión Estatal del Sistema Penitenciario por la Comisión de Gobernación, Legislación y Puntos Constitucionales del Congreso del Estado, tomando como base para la reforma el artículo 18 constitucional, el respeto a los derechos humanos, del trabajo, la capacitación para el mismo, la educación, la salud y el deporte como medios para lograr la reinserción del sentenciado a la sociedad.

En fecha de 30 de abril de 2020 fue publicado en el periódico oficial del estado mediante decreto número 58 la Ley que Crea la Comisión Estatal del Sistema Penitenciario de Baja California, misma que dota al organismo público descentralizado de personalidad jurídica, patrimonio propio y autonomía de gestión para el cumplimiento de sus fines, con lo cual se descentraliza de la Secretaría General de Gobierno; iniciando operaciones a partir del 21 de agosto de ese mismo año fecha en la que se expidió en periódico oficial del estado en la edición número 51, el Reglamento Interno de la Comisión.